ışık mikroskobu ile hücrenin organelleri gözlemlenebilir mi Hücrenin yapısında bulunan organeller ışık mikroskobu ile gözlemlenemezler. Elektron mikroskopları ile hücre içi organellerin yapılarını, hücre içindeki dağılımını ve diğer organaller ile komşuluğunu, organeller arası fonksiyonel ilişkileri, çekirdek ve membran yapısını, membrandaki yapısal değişiklikleri, dokuların organizasyonu, matriks liflerini, hücre matriks ilişkileri gözlemlenebilir.
AYDINLIK SAHA (IŞIK) MİKROSKOBU: Işığın direkt olarak hücreden geçtiği ve hücrenin farklı bölgelerini ayırt edebilme kapasitesinin, görünen ışığın hücre bileşenleri tarafından soğurulmasından kaynaklanan kontrasta bağlı olduğu mikroskop türüdür. Çoğu zaman, farklı bölgelerini ayırt edebilmek için, kontrast farklılıkları oluşturmak üzere; hücreler, proteinlerle ya da nükleik asitlerle tepkime veren boyalarla boyanırlar. Boyama öncesinde, örneklerin korunması için genellikle sabitleyiciler (alkol, asetik asit veya formaldehit gibi) kullanılır. Sabitlenmiş ve boyanmış dokuların aydınlık saha mikroskopisi ile incelenmesi, histoloji laboratuvarlarında doku analizi için standart bir yaklaşımdır. Bu tarz boyama işlemleri hücreleri öldürdüğünden, canlı hücre gözlenmesini gerektiren birçok araştırma için ise uygun değildir.
ELEKTRON MİKROSKOBU: Işık mikroskobunun çözünürlüğünün sınırlı oluşu, hücre yapısının daha ayrıntılı analizi için, daha güçlü mikroskobik yöntemlerin kullanımını gerektirmiştir. Elektron mikroskopta görüntü elde etmede ışık kaynağı yerine elektronlar kullanılarak görüntü birkaç milyon defa büyütülebilmektedir. Bu kadar büyütme özelliği, elektronun dalga boyunun ışık dalga boyundan birkaç bin defa daha küçük olmasındandır. Işık mikroskobunun ayırt etme gücü 0.1 µm iken, elektron mikroskobunun ayırt etme gücü 0.1 nm kadardır. Elektron mikroskobları; ışık mikroskoplarında olduğu gibi kesit özelliklerini ortaya koyan geçirimli (transmission) elektron mikroskobu (TEM) ve yüzey özelliklerini ortaya koyan ve bunu üç boyutlu bir görüntü şeklinde sağlayan taramalı (scanning) elektron mikroskobu (SEM) olarak iki farklı tipe ayrılır. Elektron mikroskopları ile hücre içi organellerin yapılarını, hücre içindeki dağılımını ve diğer organaller ile komşuluğunu, organeller arası fonksiyonel ilişkileri, çekirdek ve membran yapısını, membrandaki yapısal değişiklikleri, dokuların organizasyonu, matriks liflerini, hücre matriks ilişkileri gözlemlenebilir.